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如何在CentOS上安装R语言?

在CentOS上安装R语言及其集成开发环境RStudioserver,可以通过以下步骤进行,以下是详细的安装指南:

一、安装R语言

1. 启用EPEL和PowerTools软件源

如何在CentOS上安装R语言?-图1
(图片来源网络,侵权删除)

首先需要启用EPEL和PowerTools软件源,因为R语言的官方包并不包含在默认的CentOS软件源中。

sudo dnf install epelrelease
sudo dnf configmanager setenabled PowerTools

2. 安装R语言

通过yum命令安装R语言:

sudo yum install R

3. 验证安装过程

打印R版本以确认安装成功:

R version

R最稳定的版本是3.6.2:

如何在CentOS上安装R语言?-图2
(图片来源网络,侵权删除)
R version 3.6.2 (20191212) "Dark and Stormy Night"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64redhatlinuxgnu (64bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
https://www.gnu.org/licenses/.

4. 安装必要的库和工具

为了能够顺利安装R包,还需要安装一些额外的库和工具:

sudo yum install make gcc gccc++ libcurldevel libxml2devel openssldevel texlive

至此,你已经在CentOS系统上成功安装了R语言,可以开始使用它了。

二、安装RStudioserver

1. 下载RStudioserver

访问RStudio官网,找到并选择DOWNLOAD SERVER选项,然后下载适用于CentOS的RStudioserver安装包,可以使用wget命令直接下载:

wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudioserverrhel2021.09.1372x86_64.rpm

2. 安装RStudioserver

如何在CentOS上安装R语言?-图3
(图片来源网络,侵权删除)

使用yum命令安装下载好的RStudioserver包:

sudo yum install rstudioserverrhel2021.09.1372x86_64.rpm

3. 开启8787端口

CentOS 7系统采用新的防火墙策略,安装完成Rstudio之后,还不能通过浏览器访问,需要进行防火墙设置才行:

systemctl enable rstudioserver.service
systemctl start rstudioserver.service
systemctl status rstudioserver
firewalld
firewallcmd permanent addport=8787/tcp
firewallcmd permanent addport=8787/udp
firewallcmd reload

4. 编辑rstudioserver配置文件

编辑RStudioserver的配置文件以确保其正确运行:

vi /etc/rstudio/rserver.conf

添加如下配置:

Server Configuration File
wwwport=8787
rsessionwhichr=/usr/local/bin/R
vi /etc/rstudio/rsession.conf

添加如下配置:

R Session Configuration File
sessiontimeoutminutes=0

三、安装R包

1. 安装常用R包

在R终端中,可以使用install.packages()函数来安装所需的R包。

install.packages("stringr")

你将会被询问选择一个CRAN镜像,选择一个最靠近你位置的镜像即可。

2. 安装Bioconductor包

对于Bioconductor包,可以先安装BiocManager,然后通过它来安装所需的Bioconductor包:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
    install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install("clusterProfiler")

3. 设置镜像源

为了加快包的下载速度,可以设置镜像源为清华大学的镜像:

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
options(repos = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

1. 归纳

步骤详细描述了如何在CentOS上安装R语言及其集成开发环境RStudioserver,通过这些步骤,你可以顺利地在服务器上搭建一个R语言的开发环境,并通过RStudioserver进行远程访问和管理,这对于数据分析和统计计算非常有帮助。

2. FAQs

Q1: 如果在安装过程中遇到依赖问题怎么办?

A1: 如果遇到依赖问题,可以尝试手动安装缺失的依赖包,如果缺少libjpegdevel,可以使用以下命令安装:

sudo yum install libjpegdevel

然后重新尝试安装R或R包。

Q2: 如何更改RStudioserver的默认端口号?

A2: 要更改RStudioserver的默认端口号(8787),可以在/etc/rstudio/rserver.conf文件中修改wwwport参数,要将端口改为8788,可以这样设置:

wwwport=8788

然后重启RStudioserver服务:

sudo systemctl restart rstudioserver.service
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