在CentOS上安装R语言及其集成开发环境RStudioserver,可以通过以下步骤进行,以下是详细的安装指南:
一、安装R语言
1. 启用EPEL和PowerTools软件源
首先需要启用EPEL和PowerTools软件源,因为R语言的官方包并不包含在默认的CentOS软件源中。
sudo dnf install epelrelease sudo dnf configmanager setenabled PowerTools
2. 安装R语言
通过yum命令安装R语言:
sudo yum install R
3. 验证安装过程
打印R版本以确认安装成功:
R version
R最稳定的版本是3.6.2:
R version 3.6.2 (20191212) "Dark and Stormy Night" Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64redhatlinuxgnu (64bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under the terms of the GNU General Public License versions 2 or 3. For more information about these matters see https://www.gnu.org/licenses/.
4. 安装必要的库和工具
为了能够顺利安装R包,还需要安装一些额外的库和工具:
sudo yum install make gcc gccc++ libcurldevel libxml2devel openssldevel texlive
至此,你已经在CentOS系统上成功安装了R语言,可以开始使用它了。
二、安装RStudioserver
1. 下载RStudioserver
访问RStudio官网,找到并选择DOWNLOAD SERVER选项,然后下载适用于CentOS的RStudioserver安装包,可以使用wget命令直接下载:
wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudioserverrhel2021.09.1372x86_64.rpm
2. 安装RStudioserver
使用yum命令安装下载好的RStudioserver包:
sudo yum install rstudioserverrhel2021.09.1372x86_64.rpm
3. 开启8787端口
CentOS 7系统采用新的防火墙策略,安装完成Rstudio之后,还不能通过浏览器访问,需要进行防火墙设置才行:
systemctl enable rstudioserver.service systemctl start rstudioserver.service systemctl status rstudioserver firewalld firewallcmd permanent addport=8787/tcp firewallcmd permanent addport=8787/udp firewallcmd reload
4. 编辑rstudioserver配置文件
编辑RStudioserver的配置文件以确保其正确运行:
vi /etc/rstudio/rserver.conf
添加如下配置:
Server Configuration File wwwport=8787 rsessionwhichr=/usr/local/bin/R
vi /etc/rstudio/rsession.conf
添加如下配置:
R Session Configuration File sessiontimeoutminutes=0
三、安装R包
1. 安装常用R包
在R终端中,可以使用install.packages()函数来安装所需的R包。
install.packages("stringr")
你将会被询问选择一个CRAN镜像,选择一个最靠近你位置的镜像即可。
2. 安装Bioconductor包
对于Bioconductor包,可以先安装BiocManager,然后通过它来安装所需的Bioconductor包:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { install.packages("BiocManager") } BiocManager::install("clusterProfiler")
3. 设置镜像源
为了加快包的下载速度,可以设置镜像源为清华大学的镜像:
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") options(repos = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
1. 归纳
步骤详细描述了如何在CentOS上安装R语言及其集成开发环境RStudioserver,通过这些步骤,你可以顺利地在服务器上搭建一个R语言的开发环境,并通过RStudioserver进行远程访问和管理,这对于数据分析和统计计算非常有帮助。
2. FAQs
Q1: 如果在安装过程中遇到依赖问题怎么办?
A1: 如果遇到依赖问题,可以尝试手动安装缺失的依赖包,如果缺少libjpegdevel,可以使用以下命令安装:
sudo yum install libjpegdevel
然后重新尝试安装R或R包。
Q2: 如何更改RStudioserver的默认端口号?
A2: 要更改RStudioserver的默认端口号(8787),可以在/etc/rstudio/rserver.conf
文件中修改wwwport
参数,要将端口改为8788,可以这样设置:
wwwport=8788
然后重启RStudioserver服务:
sudo systemctl restart rstudioserver.service